Після періоду відродження, що тривав від понтифікату Папи Сикста IV (1471-1484 рр.) до перших десятиліть шістнадцятого століття, бібліотека Ватикану переживає другий період свого існування, починаючи з 1589-го року, в новому будинку, побудованому за розпорядженням Сикста V. Цей період , що продовжувався протягом усього сімнадцятого століття, називали золотим століттям бібліотек, протягом якого, в умовах неспокійної політичної та релігійної обстановки відбувається незвичайне збагачення і повне перетворення Папських колекцій.

Саме цей період розглянуто і проаналізовано у захоплюючій реконструкції подій, що міститься в третьому томі історії Ватиканської бібліотеки, «Ватикан в сімнадцятому столітті (1590-1700): бібліотека бібліотек». Книга була опублікована видавничим домом Ватикану в 2014 році.

Після відкриття при Сиксті V, саме в понтифікат Климента VIII (1592-1605), для бібліотеки розгортаються і набирають силу проекти, пов'язані із загальними питаннями організації і поповнення фондів. Про це говорять заклики Папи до єпископів надсилати «писання» та книги в бібліотеку для їх кращого збереження. У 1598 і 1603 роках Конгрегація Індексу провела великі дослідження по бібліотеках італійських чоловічих монастирів, що відповідало бажанням контрреформістів тримати під контролем це питання. За результатами цих досліджень Папі було запропоновано скласти буллу, адресовану до всіх чернечих орденів, щоб «вони більш не рахували книги,що знаходяться в їх розпорядженні, своєю власністю». Пропозиція стосувалася також Папських нунціїв, особливо в Німеччині та Франції, щоб вони «сприяли поверненню в Рим бібліотек тих стародавніх абатств, які перебувають у занепаді.

Чернечі ордени планувалося зобов'язати відправляти перелік усіх наявних книг в Апостольську бібліотеку.

Хоча проект не домігся конкретних результатів, цілком імовірно, що завдяки саме цим вжитим заходам до ватиканської бібліотеки, між 1612 і 1620 роками - за Павла V - потрапили рукописи грецької Колегії Риму, грецького абатства Гроттаферрата і цілий ряд дорогоцінних рукописів абатства Боббіо. Там же виявилися кілька приватних колекцій, що представляють великий інтерес, отриманих в дар, за заповітом або в результаті покупки, підтверджуючи тим самим назву «бібліотеки бібліотек».

Поворотним моментом став саме понтифікат Павла V: важливим моментом в організаційному плані було, безсумнівно, призначення на посаду кардинала-бібліотекаря племінника Папи, Сципіона Каффареллі Боргезе, за яким послідували Франческо Барберіні при Урбані VIII і Флавіо Кіджі при Олександрі VII. Але ще більш важливим є створення незалежного архіву, який, хоча і не досяг повної централізації документального матеріалу, зате діяв у напрямку більш органічного розташування документів. Цей архів мав подвійну мету: з одного боку для більш швидкого і зручного використання книг, з іншого - захистити їх від цікавих очей, зі строгими вказівками, що стосуються також бібліотеки.

Чудова сторінка історії бібліотеки несподівано відкриється під час короткого понтифікату Папи Григорія XV (1621-1623). Коли з початком Тридцятилітньої війни курфюрст Фрідріх V зазнав поразки від Габсбург-католицької коаліції, Герцог Максиміліан Баварський, наступник Фрідріха, як курфюрста, вдячний за отриману допомогу, подарував Папі палатінському бібліотеку Гейдельберга. Цей жест був оцінений Римом як торжество універсалізму і католицької культури, судячи зі слів, з якими кардинал племінник Людовіко Людовізі вітав «настільки благородний трофей». Кардинал розпорядився, щоб «дорогоцінні останки», прибувши в Рим під час дуже холодної зими 1622-1623 рр., під наглядом грецького схоласта Ватиканської бібліотеки Леона Алатіуса, зберігалися «в вічну пам'ять в цьому театрі миру»

Тридцять років потому в історії Ватиканської бібліотеки відкриється нова епоха. Їй передували смерть в 1631 році останнього герцога Урбіно Франческо Марії II делла Ровере і перехід герцогства до Папських володінь, але насамперед, обрання Папою освіченого і пристрасного бібліофіла Алессандро VII Кіджі (1655-1657). У цей час Рим почав вимагати в якості спадщини Ровере колекцію рукописів і друкованих книг епохи Відродження, яку герцог мав намір заповідати місту Урбіно. Перевезення фондів Урбінської бібліотеки в Рим через Апенніни взимку 1657 під наглядом першого хранителя Ватиканської бібліотеки Лукаса Хольст, здавалося, повторювала епізод придбання Палатинської бібліотеки.

Довге сімнадцяте століття закінчується придбанням ще однієї бібліотеки, цього разу королеви Христини Шведської. Це сталося після смерті правительки в 1689 році, на завершення її тривалого перебування в Римі. Цю багату колекцію стародавніх і сучасних рукописів придбає Папа Олександр VIII Оттобоні для бібліотеки Ватикану, де вона стане основою королівського фонду, так і для своєї особистої бібліотеки, яка пізніше увійде до складу Апостольської бібліотеки.

Ватиканська бібліотека, безперечно, є найбільшою в світі. Але Рим був повний невеликих бібліотек. Так, в 1698 році налічувалося в цілому 126 бібліотек, які відігравали помітну роль у культурному та науковому житті суспільства. У це число навіть не входили вельми солідні приватні бібліотеки, наприклад, таких освічених художників, як Берніні і Борроміні. Рим був буквально завалений книгами, і ці бібліотеки ніби применшували значення гігантського ватиканського комплексу. Проте важливо відзначити, що більшість бібліотек аристократичних родин поступово зникали, в той час як бібліотекам монаших Чинів вдалося вижити.

Така кількість бібліотек залишила свій слід також в архітектурі і внутрішньому устрої приміщень, призначених для зберігання книг. Так, ще й сьогодні можна милуватися величезними стелажами і шафами архітектора Борроміні в Олександрійській бібліотеці римського університету «La Sapienza». Тема книжкових стелажів і шаф пов'язана з темою зорової доступності самих книг. Середньовічні бібліотеки мали тенденцію замикати свої книги, але князі епохи Відродження воліли виставляти їх напоказ.

В іспанській королівській бібліотеці Ескоріал книги розміщені корінцями всередину на чудових стелажах з екзотичних порід дерев з Індії, з доричними колонами. Амвросіанське книжкове зібрання кардинала Федеріко Борромео вводить в епоху бібліотеки салонного типу: це великий зал, де величезна кількість книг виставлена на відкритих стелажах заввишки в два поверхи. Це справляло надзвичайний ефект обширного залу, стіни якого побудовані з книг. Римські бібліотеки єпископа Анджело Рокка (третя в Італії) і кардинала Джироламо Казанате, Бодліанська бібліотека Оксфордського університету у  Римі, Кодрінгтонська в Оксфорді, а також більшість великих бібліотек епохи Просвітництва влаштовані за типом Амвросіанської. Завдяки унікальному проекту Етьєн Луї Булле для королівської бібліотеки, з виставленими напоказ нескінченними рядами, бібліотеки салонного типу залишалися в моді аж до Великої французької революції. Бібліотека Ватикану, проте, йде проти цієї тенденції. Як відзначали всі відвідувачі, вона не виставляє свої книги напоказ.

У 1645 році старі стенди Папи Сикста IV були вирізані для того, щоб встановити великі книжкові шафи, прикріплені до центральних пілястрам Сикстинського залу. Вони були схожі на дерев'яні стелажі, в які Урбан VIII вже розмістив книги в Палатинській бібліотеці.

Ніби компенсуючи цей факт приховування книг, Сикстинський зал сам по собі являв гігантську ілюстровану книгу: він був розписаний барвистими фресками із зображеннями соборів Католицької Церкви, найбільших бібліотек старовини і ранньої Церкви, res gestae (діянь) Папи Сикста V і творців алфавітів. Це був найнезвичайніший інтер'єр, який тільки міг бути, який здобув верх над своїм єдиним істинним суперником, бібліотекою Ескоріал. Однак самі книги трималися подалі від цікавих очей. Самі зберігачі, такі як Лукас Хольст, скаржилися на різницю між бібліотекою Ватикану і відкритим, публічним духом великих бібліотек півночі Європи.

Але чи була дійсно ця бібліотека настільки закритою? Бібліотека і друкарня представляли собою двоєдиний підхід до захисту проти єресі і до поширення віри. Східні мови були предметом великої турботи Папи Павла V, який був свідком голоду по священних текстах на арабській мові. Ватикан став великим сховищем також єврейських текстів. У 1625 році тисячі єретичних книг були вилучені з Палатинської бібліотеки, але Лукасу Хольст вдалося зупинити чистку, подібну до тієї, що мала місце в бібліотеці Урбінате. Бібліотекарі були також культурними посередниками: перед читачем проходить галерея портретів таких видатних зберігачів, як Науде, Суарес, Хольст.

Ватиканська бібліотека мала значний вплив на інтелектуальне життя Риму і Європи в цілому. Цьому аспекту присвячена окрема глава: у ній дається детальний аналіз образу римської науки сімнадцятого століття. Як і попередні томи історії Ватиканської бібліотеки, нинішній том багато ілюстрований. Вперше представлені прекрасні кольорові фотографії кожної фрески, а також красиві репродукції малюнків з Віндзора, Британської бібліотеки, з Лувру і Альбертинської бібліотеки. Чудові нові карти у великих масштабах показують кожен рівень бібліотеки і весь внутрішній двір Бельведера. Чудові ілюстрації Філіппо Сассоли нагадують про особистостях доглядачів і префектів. Це видання можна з повним правом назвати шедевром мистецтва книги. Як би хотілося мати можливість вкласти один його примірник у руки англійської ерудита Джона Евеліна, який відвідав бібліотеку в 1644 році, знайшовши її «найважливішою, оснащеною і найпрекраснішою будівлею в світі».

Професор Маріо Роза